首先，导师工具的缺乏。现今中国企业已经赋予“导师制”保留并发展人才的特定目的，这样一来，本来是长期非正式的导师关系，其结果被纳入了衡量人才发展情况的范畴。因此，导师辅导的过程中，一定要有有效的工具进行衡量。尽管一些有识之士已经大胆尝试，开发了一些个人发展工具，但这些工具的效用究竟如何还有待时间来检验。
其次，企业对推行“导师制”还缺乏足够的认识。很多企业仍把推行导师制理解为几天的培训。如果企业希望通过导师制度来达到迅速保留并发展员工的目的，需要一个完整的系统来运作导师制。
再次，很多企业内部导师资源匮乏。一方面，导师需要一定的经验、阅历和成熟度。而在很多企业，尤其是IT和互联网行业，企业员工平均年龄不过在26-27岁，在如此“年轻”的企业中，即便是管理团队成员也都缺乏导师所必备的经验和成熟度。另一方面，企业在推行导师制的过程中还发现，公司选定的导师很多并不具备辅导员工的胜任能力。我国各行业职业经理人队伍都比较年轻，职业化程度和发达国家相比还有很大差距，在此环境下，企业的导师们将会面临一些彷徨和困惑。
第四，如何教导被辅导者正确处理和导师的关系，把握好尺度，对于导师计划能否成功实施也是至关重要的。很多企业，被辅导的员工不懂得“导师”角色。有的员工甚至把“导师”当做“字典”来用，经常事无巨细，一遇到困难就找“导师”求助，弄得导师哭笑不得。这样其实对“导师”尤其是公司高管来说是时间上的一种浪费，也会令导师丧失辅导的积极性。还有的员工，企图通过导师获得加薪、升职的机会，也给公司的正常管理带来不便。
第五，文化的差异对于导师制的影响不容忽视。在跨国公司推行导师制，要充分考虑跨文化的因素。某跨国石油公司在将全球导师计划推广到各地时，结果不尽如人意。后来经过分析诊断，才发现公司选定的导师全部是外籍员工，而被辅导的员工则是清一色的本地员工。这样，非但辅导效果不尽如人意，外籍和本地员工之间的鸿沟也加深了。再有，推行导师制很重要的一点是辅导和被辅导双方彼此能打开心扉，相互信任。而东方人一般比较含蓄，不会轻易吐露自己的内心想法，这也给辅导带来难度。在有的文化中，员工会以有导师为荣;而在有的文化中，员工则可能不以为然，甚至认为和导师谈话是浪费时间，“务虚不务实”。（樊为）
